Filmler:
* Pembe Flamingolar (1972): Waters bu kült klasik filmde "İlahi" rolünü oynadı.
* Umutsuz Yaşam (1977): Ayrıca bu filmde "İlahi" olarak da yer aldı.
* Polyester (1981): Waters, "The Divine" rolünü oynadı ve aynı zamanda bu filmin yönetmenliğini de yaptı.
* Saç spreyi (1988): Waters'ın bu filmde plak dükkanı katibi olarak küçük bir rolü vardı.
* Ağlayan Bebek (1990): Okul müdürü olarak kısa bir süre göründü.
* Seri Anne (1994): Waters bu filmde "İlahi" rolünü oynadı.
* Pecker (1998): Bu filmde yine "İlahi" olarak karşımıza çıktı.
* Kirli Bir Utanç (2004): Waters bu filmde "İlahi" rolünü oynadı.
* Bu Pis Dünya (2006): Hayatı ve çalışmaları hakkında bu belgeselde yer aldı.
* Fruitvale İstasyonu (2013): Waters, haber muhabiri olarak konuk oyuncu olarak göründü.
* Jack'in İnşa Ettiği Ev (2018): Waters, Lars von Trier'in bu filminde küçük bir rol oynadı.
Televizyon:
* Simpsonlar (1991): Waters "Homer Defined" bölümünde kendini seslendirdi.
* Güney Parkı (1997): Ayrıca "Chef Aid" bölümünde de kendini seslendirdi.
* Sopranolar (2001): Waters'ın "The Blue Comet" bölümünde film yönetmeni olarak küçük bir rolü vardı.
* Tutuklanan Gelişme (2003): "Lekesiz Seçim" bölümünde küçük bir rolü vardı.
* Larry Sanders Gösterisi (1992-1998): Waters bu gösteride kendisi gibi birkaç kez yer aldı.
* Çirkin Betty (2006-2010): "Çirkin Betty'nin Dünyası" bölümünde kendisi olarak yer aldı.
* RuPaul'un Drag Yarışı (2010-günümüz): Waters bu programda konuk jüri üyesi olarak çok sayıda yer aldı.
Diğer projelerdeki rolleri sınırlı olsa da John Waters, en çok kendi benzersiz ve etkili filmleriyle ünlüdür.