- Amerikan Kimya Derneği'nden Garvan-Olin Madalyası (1983):Bu prestijli ödül, kimya alanındaki olağanüstü başarıları ödüllendirir.
- Amerikan Kimya Derneği Güney Kaliforniya Bölümünden Tolman Madalyası (1985):Bu ödül, kimya alanına önemli katkılarda bulunan bir kişiye verilir.
- Amerikan Bilimi Geliştirme Derneği (AAAS) Üyeleri Ödülü (1987):Bu ödül, bilimin ilerlemesine olağanüstü katkılarda bulunan kişilere verilmektedir.
- Ulusal Kadın Örgütü (ŞİMDİ) Yılın Kadını Ödülü (1990):Bu ödül, kadınların çeşitli alanlardaki önemli katkılarını takdir etmektedir.
- L'Oréal-UNESCO Bilimde Kadınlar İçin Ödülleri (2005):Marie Daly, kadınların bilimsel araştırmalardaki olağanüstü başarılarını takdir eden bu ödülün beş alıcısından biriydi.
- Ulusal Bilim Madalyası (2005):Bu, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki bilim adamlarına, alana olağanüstü katkıları nedeniyle verilen en yüksek onurlardan biridir.
Marie M. Daly'nin kimya alanındaki başarıları ve etkisi geniş çapta kabul görmüş ve kutlanmıştır; aldığı ödüller onun olağanüstü başarılarının ve katkılarının bir kanıtıdır.