1. İtalya Kraliyet Nişanı Şövalye Komutanı :1889'da İtalya Kralı I. Umberto, Flagler'ı İtalya Kraliyet Nişanı Şövalye Komutanı unvanıyla onurlandırdı. Bu prestijli ödül, Florida'da turizmin gelişmesine yaptığı katkılardan dolayı kendisine verildi.
2. Onur Lejyonu :1904'te Flagler, Fransa hükümeti tarafından verilen en yüksek nişan olan Legion of Honor ödülüne layık görüldü. Bu onur, Flagler'e otel endüstrisindeki başarılarından ve Fransız Rivierası'nın gelişimine yaptığı katkılardan dolayı verildi.
3. Roosevelt Madalyası :1915'te Flagler, sosyal ve ekonomik reformları teşvik etmeye adanmış prestijli bir kuruluş olan Ulusal Sivil Federasyon'dan Roosevelt Madalyası'nı aldı. Madalya, Flagler'in vizyonu, liderliği ve hayırseverliği nedeniyle verildi.
4. Onursal Dereceler :Flagler, başarılarından dolayı birçok eğitim kurumu tarafından da tanındı. Diğerlerinin yanı sıra Stetson Üniversitesi, Rollins College ve Florida Üniversitesi'nden fahri dereceler aldı. Bu dereceler onun eğitime katkılarını ve bilginin ilerlemesine olan bağlılığını onaylıyordu.
5. Yurttaşlık ve Topluluk Onurları :Flagler, bu resmi ödüllerin yanı sıra hayatı boyunca çeşitli sivil ve toplumsal kuruluşlar tarafından da onurlandırıldı. Florida'nın çeşitli bölgelerinin büyümesine ve gelişmesine yaptığı katkılardan dolayı çok sayıda plaket, sertifika ve karar aldı.
Bu ödüller ve onurlar, Flagler'in yaşamı boyunca sahip olduğu yüksek itibarı yansıtıyor. Vizyon sahibi ruhu, Florida'nın turizm endüstrisini inşa etmeye olan bağlılığı ve eyalet üzerinde kalıcı bir etki bırakan hayırseverlik çabalarıyla geniş çapta tanınıyordu.