Bilimsel Onurlar:
* Copley Madalyası (1874) :Fermantasyon ve hastalıkların mikrop teorisi üzerine yaptığı çalışmalar nedeniyle dünyanın en prestijli bilimsel ödüllerinden biri olan Royal Society of London tarafından ödüllendirildi.
* Rumford Madalyası (1874) :Işığın polarizasyonu ve uygulamaları üzerine yaptığı araştırma nedeniyle Royal Society of London tarafından ödüllendirildi.
* Albert Madalyası (1881) :Halk sağlığına ve hastalıkların önlenmesine yaptığı katkılardan dolayı Kraliyet Sanat Topluluğu tarafından ödüllendirildi.
* Legion of Honor Şövalyesi (1853) :Ulusa önemli katkılarda bulunan kişilere verilen prestijli bir Fransız onuru.
* Legion of Honor Büyük Haçı (1881) :Pasteur'ün olağanüstü başarılarını tanıyan Legion of Honor'un en yüksek rütbesi.
* Fransız Bilimler Akademisi Üyesi (1862) :Fransa'daki en yüksek bilimsel ödüllerden biri.
* Kraliyet Cemiyeti'nin Yabancı Üyesi (1869) :Birleşik Krallık dışında bilime yaptığı katkılardan dolayı bir onur.
Diğer Ödüller:
* Fransız Bilimler Akademisi Ödülü (1856) :Fermantasyon konusundaki çalışmalarından dolayı ödüllendirildi.
* Paris Bilimler Akademisi Ödülü (1862) :Hastalıkların mikrop teorisi üzerine yaptığı çalışmalarla ödüllendirildi.
Bu özel ödüllere ek olarak Pasteur, kariyeri boyunca çok sayıda başka onur ve takdir de aldı ve 19. yüzyılın en etkili bilim adamlarından biri olarak mirasını pekiştirdi.