1677'de denizde öldü. Ancak ölümünün kesin nedeni kaydedilmedi.
17. yüzyılda bir balina avcısının yaşamının tehlikeli ve zorlu olduğunu belirtmekte fayda var. Yaygın ölüm nedenleri şunları içerebilir:
* Denizde kazalar: Fırtınalar, gemi kazaları, direklerden düşmeler ve balinalarla karşılaşmalar risk taşıyordu.
* Hastalık: Uzun yolculuklarda iskorbüt, dizanteri ve diğer hastalıklar yaygındı.
* Şiddet: Korsanlar ve rakip balina avcılığı ekipleri tehdit oluşturabilir.
Daha spesifik tarihsel kayıtlar olmadan Francis Folger'in kesin ölüm nedeni hakkında ancak spekülasyon yapabiliriz.