Roman boyunca Jim ve aralarında Dr. Livesey ve Squire Trelawney'nin de bulunduğu arkadaşları, hazineyi Silver'ın mürettebatından önce bulmak için tehlikeli bir yolculuğa çıkarlar. Fırtınalar, tehlikeli araziler ve korsanlarla yüzleşmeler gibi çeşitli engellerle karşılaştıkça çatışma yoğunlaşıyor. Nihai çatışma, korsanların isyan edip geminin kontrolünü ele geçirmeye çalışmasıyla ortaya çıkar ve Jim ile müttefikleri arasında Silver ve adamlarına karşı heyecan verici bir savaşa yol açar.
"Hazine Adası"ndaki çatışmanın temelinde zenginlik ve açgözlülük arayışının yanı sıra güç ve kontrol mücadelesi yatıyor. Karakterlerin motivasyonları ve arzuları onları birbirleriyle anlaşmazlığa düşürüyor, hikaye ilerledikçe belirsizlik ve gerilim yaratıyor. Ek olarak, Jim ve arkadaşları dürüstlüğü ve sadakati temsil ederken, Silver ve ekibi aldatma ve ihaneti temsil ettiğinden, çatışma iyiye karşı kötü temasını vurguluyor.