Danny Phantom'un sonunda Danny, baş düşmanı Vlad Plasmius'u yener ve dünyayı kötü planlarından kurtarır. Ayrıca ebeveynlerini Hayalet Bölge'den kurtarmayı başarır ve onlar bir aile olarak yeniden bir araya gelirler. Danny ve arkadaşları normal hayatlarına dönebilmektedirler ancak artık hayaletler dünyasının ve bunun getirdiği sorumlulukların farkındadırlar.
Dizi, Danny ve arkadaşlarının önlerine çıkan her türlü zorlukla yüzleşmeye hazır bir halde gün batımına doğru uçmaları ile sona erer.