1989'da Christian Brando cinayet suçlamasıyla yüzleşmek üzere Los Angeles mahkemesine çıktı. 1990 yılında Dag Drollet'i öldüresiye dövdüğü için yargılanıp mahkum edildi ve 10 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Drollet, Brando'nun üvey kız kardeşi Cheyenne'in erkek arkadaşıydı.
Cinayet mahkumiyetinin ardından Brando'nun hayatı, uyuşturucu kullanımı ve kendine zarar verme yönünde sarmal bir şekilde devam etti. 10 yıllık cezasının yarısından azını çektikten sonra erken serbest bırakıldığı 1996 yılına kadar hapiste kaldı.
Ocak 2005'te Brando, bu kez kendi annesinden 2 milyon dolar değerinde mücevher çaldığı iddiasıyla tekrar tutuklandı. Kendisine yöneltilen suçlamalar daha sonra reddedildi.
2006 sonlarında Christian Brando akciğer enfeksiyonu geçirdikten sonra hastaneye kaldırıldı. Daha sonra kendisine zatürre teşhisi konuldu ve Los Angeles, Kaliforniya'daki UCLA Tıp Merkezine transfer edildi.
Christian Brando, 26 Ocak 2008'de UCLA Tıp Merkezi'nde 49 yaşında öldü. Ölüm nedeni zatürre ve karaciğer yetmezliğinden kaynaklanan komplikasyonlardı.
Brando'nun 49 yaşında ölümü, pek çok umut ve potansiyelle dolu olabilecek bir yaşamın üzücü ve trajik sonunu işaret ediyordu. Bunun yerine, bağımlılık ve şiddet nedeniyle trajik bir şekilde kısalan bir hayattı.