Despereaux, yolculuğunda Chiaroscuro adında bilge bir fare, Miggery Sow adında bir insan hizmetçi ve Antonia adında kör bir kızla arkadaş olur. Chiaroscuro, Despereaux'nun gerçek amacını anlamasına yardımcı olur ve onu cesur olmaya teşvik eder. Miggery Sow, Despereaux'nun insan dünyasında gezinmesine yardımcı oluyor ve ona değerli tavsiyeler veriyor. Hayvanlarla güçlü bir bağı olan Antonia, Despereaux'nun yakın arkadaşı olur ve bu arayışında ona destek olur.
Despereaux, Chiaroscuro, Miggery ve Antonia, prensesi kurtarmak ve farelerle sıçanlar arasında barışı sağlamak için birlikte tehlikeli bir maceraya atılıyor. Yol boyunca birçok zorluk ve engelle karşılaşırlar, ancak kararlılıkları ve sadakatleri her türlü zorluğun üstesinden gelmelerine yardımcı olur.
"Despereaux'nun Hikayesi" dostluk, cesaret ve kişinin gerçek kimliğini kabul etmesi hakkında yürek ısıtan ve ilham veren bir hikaye. Bizi özel kılan ve harika şeyler yapabilecek kapasiteye sahip olmamızın çoğu zaman benzersiz niteliklerimiz olması nedeniyle farklı olmanın önemini vurguluyor.