1. Dış Dünyayla Çatışma: Santiago yolculuğu boyunca çeşitli dış engellerle karşılaşır. Bunlar şunları içerir:
* Çölün tehlikeleri: Hırsızlarla, sert hava koşullarıyla ve sürekli susuzluk ve açlık tehdidiyle karşı karşıya kalır.
* Kültürel farklılıklar ve önyargılar: Özellikle çölde, farklı kültür ve geçmişe sahip insanlardan şüphe ve güvensizlikle karşı karşıya kalıyor.
* Kendi korkularının ve güvensizliklerinin üstesinden gelme mücadelesi: Buna her şeyi kaybetme korkusu, kendi yeteneklerine dair şüpheleri ve toplumsal beklentilerin baskısı da dahildir.
2. İçsel Benliğiyle Çatışması: Santiago yolculuğu boyunca önemli bir iç mücadele yaşar ve şu sorunlarla boğuşur:
* Şüpheleri ve korkuları: Kendi yeteneklerini ve rüyasının geçerliliğini sorguluyor, çoğu zaman korkuya ve ertelemeye yenik düşüyor.
* Konfor ve güvenliğin cazibesi: Rahat bir yaşam uğruna hayalini feda ederek yolculuğunu bırakıp tanıdık hayatına dönme arzusuna kapılır.
* İnancını koruma mücadelesi: Santiago, Kişisel Efsaneye olan inancını sürekli kendine hatırlatmalı ve kendi iç sesinden ve etrafındaki dünyadan kaynaklanan şüphecilik ve olumsuzluğun üstesinden gelmelidir.
Hem dış hem de iç bu çatışmalar iç içe geçiyor ve kitabın genel temasına katkıda bulunuyor:kişinin hayallerinin peşinden gitmesi ve kendini keşfetme yolculuğunu benimsemesi.