Müzikal çıktısı hakkında bildiklerimiz şunlardır:
* Öncelikle bir kilise müzisyeniydi. Bestelerinin çoğunun kantatlar, motifler ve org eserleri gibi dini hizmetlere yönelik olmasının nedeni muhtemelen budur.
* Birkaç kantat ve koral yazdığına inanılıyor. Ne yazık ki bunların hiçbiri korunmadı.
* Ayrıca birkaç klavye parçası da yazdı. Barok org müziğinin erken örnekleri olarak kabul edilen "Allein Gott in der Höh sei Ehr" ve "Christ lag in Todesbanden" dahil bunlardan bazıları hala mevcuttur.
Günümüze ulaşan el yazmalarının bulunmaması nedeniyle Johann Christoph Bach'ın çalışmaları hakkındaki bilgimizin çok sınırlı olduğunu unutmamak çok önemlidir. Bu nedenle bestelerinin kapsamlı bir listesini vermek mümkün değildir.
Ancak hayatta kalan eserler, Johann Sebastian Bach'ın büyüdüğü ve etkilendiği müzik ortamına dair değerli bilgiler sunuyor.