* Derin deniz yaşamı: Thomson ve ekibi, yeni balık türleri, omurgasızlar ve mikroorganizmalar da dahil olmak üzere derin denizde yaşayan, önceden bilinmeyen çok çeşitli yaşam formları keşfetti. Bu durum, bu kadar derinliklerde yaşamın var olamayacağı yönündeki yaygın inanışa meydan okudu.
* Okyanus tabanı topografyası: Challenger keşif gezisi okyanus tabanının haritasını titizlikle çıkardı; dağlar, hendekler ve geniş ovalar dahil olmak üzere karmaşık ve çeşitli topografyayı ortaya çıkardı. Bu veriler modern oşinografinin temelini attı.
* Okyanus akıntıları: Thomson, okyanus akıntılarını ve bunların deniz yaşamı ile iklim üzerindeki etkilerini inceleyerek küresel okyanus dolaşımına ilişkin anlayışımızı geliştirmeye yardımcı oldu.
* Deniz çökeltileri: Keşif gezisi, çok miktarda deniz çökeltisini toplayıp analiz ederek okyanusların jeolojik tarihine ve Dünya'yı şekillendiren süreçlere dair bilgiler sağladı.
* "Meydan Okuyan uçurum" kavramı: Bu terim, Thomson tarafından keşif sırasında keşfettikleri okyanus tabanının en derin kısmını tanımlamak için icat edildi. Daha sonra yerini "Mariana Çukuru" terimine bıraktı.
Thomson'ın Challenger keşif gezisiyle ilgili çalışması bilimde devasa bir başarıydı; okyanuslara ve onların içindeki hayata dair anlayışımızı temelden değiştirdi. Modern oşinografinin öncülerinden biri olarak kabul edilir.