Petrucci, 1990'ların başından beri Ernie Ball Music Man gitarlarını kullanıyor ve imzalı modelleri dünyanın en popüler gitarları arasında yer alıyor. İmzalı modelleri arasında John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR ve John Petrucci JPX yer alıyor.
İbanez
Petrucci ayrıca 1980'lerde ve 1990'ların başında Ibanez gitarlarını da kullandı. En ünlü Ibanez gitarı, Dream Theater'ın ilk iki albümünde kullandığı Ibanez RG550'dir.
Fender Stratocaster
Petrucci, özellikle temiz ve mavimsi tonlar için zaman zaman Fender Stratocaster gitarlarını da kullandı.