Mozart ve Schikaneder operanın yaratılışında yakın işbirliği yaptı. Başlangıçta eseri bir peri masalı operası olarak tasarladılar, ancak zamanla aşk, dostluk, bilgelik ve aydınlanma arayışı temalarını araştıran daha ciddi ve karmaşık bir çalışmaya dönüştü.
Mozart'ın Sihirli Flüt müziği, güzelliği, çeşitliliği ve duygusal derinliği ile karakterize edilir. Opera, aryalar, düetler, topluluklar ve koroların yanı sıra hikayenin dramasını zenginleştiren enstrümantal pasajlar da dahil olmak üzere çok çeşitli müzikal parçaları içerir.
Sihirli Flüt'ün başarısı Mozart'ın en büyük opera bestecilerinden biri olarak ününü garantiledi. Dünya çapında düzenli olarak icra edilmeye devam etmekte ve opera edebiyatının başyapıtlarından biri olarak kabul edilmektedir.