Şarkı sözleri, ilk başta mükemmel görünen, ancak kısa süre sonra karanlık tarafının ortaya çıktığı kasırga romantizmini anlatıyor. Anlatıcı, başından beri tehlike işaretleri olduğunu bildiğini, ancak bu kişiye karşı beslediği yoğun duygular nedeniyle bunları görmezden geldiğini söylüyor.
Şarkı boyunca Swift, ilişkinin duygusal çalkantısını aktarmak için mecazi bir dil ve imgeler kullanıyor. Aşkını, zararlı olduğunu bilmesine rağmen bağımlı olduğu bir "kızıl lanete" ve "uyuşturucuya" benzetiyor.
Koro, anlatıcının başını aştığını ve yaklaşmakta olan belayı görmesi gerektiğini fark ettiğini vurguluyor:"İçeriye girdiğinde bela olduğunu biliyordum, o yüzden şimdi bana yazıklar olsun."
Anlatıcı hayal kırıklığını ve öfkesini ifade ederken, geri dönüp bu kişiyle ilişki kurma kararını geri alabilmeyi dileyerek şarkının köprüsü doruğa ulaşıyor. Duygularının kendisini kör etmesine izin verdiğini ve bunun bedelini ödediğini fark eder.
Son koro, şarkının ana mesajını tekrarlayarak anlatıcının aşkının sorunlu olduğunu bildiği ancak yine de kendini ona kaptırmasına izin verdiği fikrini güçlendiriyor.
Genel olarak, "Sorun Olduğunu Biliyordum", kırmızı bayrakları görmezden gelmenin ve bir ilişkide yoğun duygulara kapılmanın, sonunda kalp kırıklığı ve pişmanlığa yol açmasının tehlikeleri hakkında uyarıcı bir hikaye olarak hizmet ediyor.