- Duvarlar: Mağara duvarları pürüzsüz veya pürüzlü olabilir ve sarkıt, dikit ve diğer maden yataklarıyla kaplı olabilir.
- Tavanlar: Mağara tavanları yüksek veya alçak olabilir ve sarkıt, dikit ve diğer maden yataklarıyla kaplı olabilir.
- Zeminler: Mağara tabanları kum, çakıl veya çamur gibi tortularla kaplanabilir. Ayrıca suyla kaplanarak yer altı gölleri veya nehirleri oluşturabilirler.
- Girişler: Mağara girişleri büyük ya da küçük olabileceği gibi, bir tepenin kenarında, bir düden dibinde ya da su altında da olabilir.
- Çıkış: Tüm mağaraların belirgin çıkışı yoktur, bazı mağaraların birden fazla çıkışı olabilirken bazılarının yalnızca bir çıkışı olabilir.
Mağaralar ayrıca yarasalar, semenderler, örümcekler ve böcekler gibi çeşitli yaşam formlarını da barındırabilir. Bazı mağaralar aynı zamanda tarih öncesi tablolara ve diğer eserlere de ev sahipliği yapıyor ve bu da onları önemli arkeolojik alanlar haline getiriyor.