Özellikle şuralarda bulunurlar:
* Regirock Mağarası: Granit Mağarası'nda bulunur Bölgenin merkezinde büyük bir mağara.
* Regice Mağarası: Deniz Tabanı Mağarası'nda bulunur Bölgenin en doğu noktasına yakın bir yerde su altında bulunan bir mağara.
* Registeel Mağarası: Antik Mezar'da bulunur Bölgenin güney kesiminde bulunan bir mağara.
Bu mağaralar, bu oyunların ana hikâyesinin bir parçasıdır ve gezinmesi oldukça zorlayıcı olabilir.