Ancak bazı karmaşıklıklar var:
* Kayıp eserler: Eserlerinin birçoğu zamanla kaybolmuş, tahrip edilmiş ya da hala keşfedilmemiştir.
* İşbirlikleri: Van Eyck muhtemelen atölyesiyle işbirliği yapmıştı, dolayısıyla kendisine atfedilen bazı resimler asistanlar tarafından yapılmış olabilir.
* İlişkiler: Bazı eserlerin yalnızca Van Eyck tarafından mı yoksa kısmen onun atölyesi tarafından mı boyandığı konusunda sanat tarihçileri arasında tartışılıyor.
Dolayısıyla, hayatta kalan eserleri hakkında makul bir fikrimiz olsa da, yarattığı tabloların gerçek sayısı bir sır olarak kalıyor.