"Bahay Kubo"da aktarılan ana temalar şunlardır:
1. Hayatın Basitliği: Şarkı, küçük bir nipa kulübesinde yaşamanın sadeliğini kutluyor. Kırsal kesimde yaşayan insanların mütevazı yaşam tarzını ve temel ihtiyaçlarını vurguluyor.
2. Doğaya Takdir: "Bahay Kubo" doğal çevreyle derin bir bağı ifade ediyor. Şarkı, nipa kulübesinin çevresinde bulunan farklı bitki ve hayvanlardan bahsediyor ve doğal çevrenin güzelliğini sergiliyor.
3. Topluluk ve Aile: Şarkı topluluk ve aile yaşamını anlatıyor. Şarkı sözlerinde ailenin çeşitli üyelerinin kulübede bir arada yaşadığından bahsedilerek birlik ve beraberliğin önemi vurgulanıyor.
4. Memnuniyet ve Mutluluk: Nipa kulübesindeki yaşamın sadeliğine rağmen şarkı, memnuniyet ve mutluluk mesajı veriyor. Doğayla ve sevdiklerinizle iç içe, mütevazi bir konutta yaşanan huzur ve sükunetin altını çiziyor.
Genel olarak, "Bahay Kubo", çevreyle uyum içinde yaşamanın ve güçlü topluluk ve aile bağlarına değer vermenin önemini vurgulayarak, yaşamdaki basit zevkleri beslemeyi ve takdir etmeyi hatırlatıyor.