1. Dialga, emdiği Zaman Dişlilerini serbest bırakarak zamanın akışını normale döndürecektir.
2. Oyuncu ve partneri Hazine Kasabasına dönecektir.
3. Dialga ortaya çıkacak ve oyuncuya ve partnerine, eylemlerinin daha büyük bir felaketi önlemek için gerekli olduğunu açıklayacaktır. "Karanlık Madde" olarak bilinen bir gücün zamanı manipüle ettiğini ve dünyada çeşitli çarpıklıklara ve aksaklıklara neden olduğunu ortaya koyuyor.
4. Dialga, oyuncuyu ve partnerini Karanlık Maddeyi durdurma göreviyle görevlendirir.
5. Bu konuşmanın ardından hikaye, oyuncu ve ortağının zindanları keşfetmesi, Pokemon'la savaşması ve Karanlık Madde'nin ardındaki gerçeği ortaya çıkarmak ve hain planlarına bir son vermek için çalışırken yeni ekip üyelerini işe almasıyla devam edecek.