Xenogears'ta Shadow Pokémon sistemi şu şekilde çalışır:
1. Gölge Pokémon'u Bayıltmak: Gölge Pokémon'u tıpkı diğer düşmanlar gibi savaşlarda bayıltabilirsiniz. Bu aslında onları "yakalamaz".
2. "Yakalama"nın Gerçek Anlamı: Xenogears'ta bir Gölge Pokémon'u "yakalama" eylemi, onları savaşta yenmek anlamına gelir ve sonra onların enerjisini ve anılarını kendi karakterlerinize çekmek . Bu, "Yakalama" yeteneği kullanılarak yapılır , belirli karakterler tarafından kullanılabilir.
3. "Yakalama" Yeteneği: "Yakala" yeteneği öğreneceğiniz veya satın alacağınız bir şey değildir; bu, karakterin doğuştan gelen yeteneklerinin bir parçasıdır. Bir karakter "Yakala" yeteneğini kullanabildiğinde, bir Gölge Pokémon'u yendikten sonra savaş sırasında özel bir komut görebileceksiniz. Bu komutu kullanmak onların enerjisini ve anılarını çekmenizi sağlayacaktır.
Bu nedenle bayılmış bir Gölge Pokémon'u tekrar "yakalayamazsınız". Bir Gölge Pokémon'u yendikten sonra ya onu emersiniz (Yakala yoluyla) ya da sonsuza dek yok olurlar.
Oyun tasarımcıları muhtemelen Xenogears'ın anlatısının merkezinde yer alan kayıp, fedakarlık ve karanlığa karşı mücadele temalarını vurgulamak için bu sistemi seçtiler.