Oyunda başlangıç Pokémon'unuzu üç seçenek arasından seçersiniz:
* Chimchar (Ateş)
* Turtwig (Çim)
* Piplup (Su)
Oyun, başlangıç ortağınız olarak Totodile dahil diğer Pokémon'ları seçmenize izin vermiyor.
Ancak oyunda Totodile ile karşılaşmanın ve onunla etkileşime geçmenin yolları var:
* İşe alma: Maceralarınız sırasında Totodile ile karşılaşabilir ve diğer Pokémonlar gibi onu da ekibinize katabilirsiniz.
* Ticaret: Pokémon'u çevrimiçi olarak veya yerel kablosuz bağlantı aracılığıyla diğer oyuncularla takas edebilirsiniz, bu da bir Totodile almanıza olanak sağlayabilir.
* Özel Etkinlikler: Totodile dahil yeni Pokémon'u tanıtan sınırlı süreli etkinlikler veya indirilebilir içerikler olabilir.
Totodile olarak oynamak için diğer Pokémon Mystery Dungeon oyunlarına veya hayran yapımı içeriklere bakmanız gerekir.