Oyunda her birinin belirli istatistikler üzerinde olumlu ve olumsuz etkileri olan 25 farklı Doğa bulunmaktadır. Örneğin, Dayanıklı Doğaya sahip bir Pokémon'un herhangi bir istatistik ayarlaması yoktur, Jolly Doğaya sahip bir Pokémon'un Hızında artış ve Özel Saldırısında bir azalma vardır.
Doğaları anlamak ve yönetmek, etkili bir Pokémon takımı oluşturmak için çok önemlidir çünkü bunlar Pokémon'un genel güçlü ve zayıf yönlerini etkileyebilir. Oyuncular, zindanları keşfederken veya diğer oyuncularla bağlantı kurmak için Wonder Mail özelliğini kullanarak belirli Doğalara sahip Pokémon ile karşılaşabilir ve onları işe alabilirler.