Arsenal Gear, nükleer silahlarla donatılmış devasa bir denizaltıdır. Terör örgütü Sons of Liberty'nin lideri Solidus Snake tarafından kontrol ediliyor. Oyuncu karakteri Raiden, Arsenal Gear'a sızmalı ve Solidus'un nükleer silah kullanmasını engellemelidir.
Solidus'la olan savaş heyecan verici ve zorlu bir mücadele. Solidus güçlü bir rakiptir ve Raiden'ı yenmek için çeşitli silahlar ve teknikler kullanır. Raiden, Solidus'u yenmek ve dünyayı kurtarmak için tüm becerilerini ve yeteneklerini kullanmalıdır.
Arsenal Donanımının yok edilmesi ve Solidus Snake ile yapılan son savaş, oyunda bir dönüm noktası olduğundan unutulmaz bir an. Bu, Raiden'ın nihayet düşmanlarını yendiği ve dünyayı kurtardığı noktadır. Raiden sonunda ebeveynlerinin ölümünün intikamını aldığında bu aynı zamanda büyük bir arınma anıdır.