Bununla birlikte, bazı Pokémon'ları bulmak daha zordur veya karşılaşılacak belirli koşullar gerektirir, bu da onları elde etmeyi daha zor hale getirir. İşte bazı örnekler:
* Efsanevi Pokémon: Rayquaza hikayenin ana odağıdır ve oyunda mevcut olan tek efsanevi Pokémon'dur. Elde edilebilir olması açısından teknik olarak "nadir" olmasa da, yakalanması kesinlikle zordur.
* Gölge Pokémon: Bunlar mevcut Pokémon'un benzersiz yetenek ve görünümlere sahip özel versiyonlarıdır. Shadow Lugia veya Shadow Mewtwo gibi bazı gölge Pokémon'lara yalnızca belirli etkinlikler veya takas yoluyla ulaşılabilir.
* Belirli koşullar gerektiren Pokémon: Eeveelutions gibi belirli Pokémonlar yalnızca belirli koşullar altında, örneğin günün belirli saatlerinde veya belirli yerlerde ortaya çıkabilir.
Sonuçta, XD:Gale of Darkness'taki bir Pokémon'un "nadirliği", tanımınıza ve neyi elde etmenin zor olduğunu düşündüğünüze bağlıdır.