Filmin hikayesi, güçlü bir silah içeren gizli bir uzay gemisi olan Ark'ın keşfine ve ardından Decepticon'lara karşı verilen savaşa odaklanıyor. İnsan karakterler çoğunlukla Sam Witwicky (Shia LaBeouf) ve yeni kız arkadaşı Carly Spencer'a (Rosie Huntington-Whiteley) odaklanıyor.
Megan Fox'un yokluğunun resmi nedeni kamuoyuna açıklanmasa da, onun ayrılışının yönetmen Michael Bay ile yaratıcı fikir ayrılıklarından kaynaklandığına inanılıyor. Transformers:Düşmüşlerin İntikamı (2009) yapımı sırasında Fox ve Bay arasında gerginlikler olduğu bildirildi.
Onun yokluğuna rağmen filmde Mikaela'nın kaderi açıkça ele alınmıyor. Kendisinin ve Sam'in yollarını ayırdığı ima ediliyor.