İki ana oda vardır:
* Gölge Odası: Burası Gölge Pokémon'la ilk kez karşılaşacağınız yerdir. Onları arındırmak için onlarla savaşmanız gerekir.
* Karanlık Odası: Bu, Shadow Pokémon'un lideri olan son patronla karşılaşacağınız son odadır. Belirli görevleri tamamladıktan ve birkaç Gölge Pokémon'u arındırdıktan sonra erişilebilir.
Gölge Pokémon Tesisi içindeki kesin konum oyunda belirtilmemiştir, ancak hikayede ilerledikçe genellikle tesisin daha derinlerinde bulunur.