Groudon (Yer tipi)
* Elit Dörtlü'yü yenip Şampiyon olduktan sonra Köken Mağarasında bulundu.
* Yalnızca Kırmızı Küre elde edildikten sonra ele geçirilebilir.
Kyogre (Su tipi)
* Elit Dörtlü'yü yenip Şampiyon olduktan sonra Köken Mağarasında bulundu.
* Yalnızca Mavi Küre elde edildikten sonra ele geçirilebilir.
Rayquaza (Ejderha/Uçan tip)
* Groudon ve Kyogre yenildikten sonra Gökyüzü Sütunu'nda bulunur.
* Yalnızca Kırmızı Küre ve Mavi Küre elde edildikten sonra ele geçirilebilir.
Regirock (Rock tipi)
* Çöldeki antik tapınakta bulunur, üç Regi anahtarını aldıktan sonra erişilebilir.
*Tuşları belirli bir sırayla kullanarak tapınağı aktif hale getirmeniz gerekmektedir.
Regice (Buz tipi)
* Çöldeki antik tapınakta bulunur, üç Regi anahtarını aldıktan sonra erişilebilir.
* Tuşları belirli bir sırayla kullanarak tapınağı aktif hale getirmeniz gerekmektedir.
Registeel (Çelik tipi)
* Çöldeki antik tapınakta bulunur, üç Regi anahtarını aldıktan sonra erişilebilir.
* Tuşları belirli bir sırayla kullanarak tapınağı aktif hale getirmeniz gerekmektedir.
Latias (Ejderha/Psişik tip)
* Eon Flütünü aldıktan sonra Güney Adasında bulundu.
* Yalnızca Eon Flütünü aldıktan sonra kullanılabilir.
Latios (Ejderha/Psişik tip)
* Eon Flütünü aldıktan sonra Güney Adasında bulundu.
* Yalnızca Eon Flütünü aldıktan sonra kullanılabilir.
Jirachi (Çelik/Psişik tip)
* Yıldız Taşı alındıktan sonra Dilekçinin Evinde bulunur.
* Bu nadir bir karşılaşmadır ve onu uyandırmak için Yıldız Taşını kullanmanız gerekecektir.
Mew (Psişik tip)
* Teknik olarak normal oynanışla elde edilemez. Edinmek için bir aksaklık veya hile cihazı gerekir.
Not: Teknik olarak Mewtwo'yu elde edebilirsiniz. Pokémon Emerald'da bu Efsanevi bir karşılaşma değil. Slateport City bölgesindeki terk edilmiş Pokémon Malikanesi'nde bulunabilir.