Oyunun hikayesi "Eggman İmparatorluğu" etrafında dönüyor Dr. Eggman tarafından kontrol edilen bir grup robot ve canavar. Bu imparatorluk, her biri benzersiz yeteneklere ve görünümlere sahip çeşitli "Eggman kölelerinden" oluşuyor.
Bu minyonlardan bazıları, örneğin "Yumurta Piyonu" ve "Egg Hornet" tanıdıktır, diğerleri ise daha gizemlidir. En yaygın olarak "gizemli canavarlar" olarak anılanlar şunları içerir:
* "Yumurta Cerberus": Güçlü bir matkabı olan üç başlı, köpeğe benzeyen bir robot.
* "Yumurta Golemi": Büyük bir çekici olan devasa, yavaş hareket eden bir robot.
* "Yumurta Kralı": Güçlü lazerlere sahip dev, taht benzeri bir robot.
Bunlar sadece birkaç örnektir ve oyun boyunca gizemi ve entrikayı artıran birçok benzersiz ve isimsiz robot ve canavar ortaya çıkar.
Yani tek bir "gizemli canavar" olmasa da, bu benzersiz ve ilgi çekici karakterlerin kolektif varlığı, Sonic Heroes'un büyüleyici ve gizemli atmosferine katkıda bulunuyor.