Mewtwo yalnızca Cerulean Mağarasının derinliklerinde bulunabilir. İyi hazırlanmadıysanız Mewtwo'yu yenmek inanılmaz derecede zordur. Öncelikle mağaraya girmeden önce en az 40 Pokemon yakaladığınızdan emin olun. Mağaranın içindeki çeşitli Pokemonları yenmek için birden fazla güçlü, yüksek seviyeli Pokemon'a ihtiyacınız olacak. Ayrıca bol miktarda Hyper ve Max Potion stokladığınızdan emin olun.
Cerulean Mağarasına ulaşmak için öncelikle Fuşya Şehri'nin hemen yukarısındaki Route 24 üzerindeki Pokemon Merkezini ziyaret edin. İçeri girer girmez sağınızdaki masada oturan kadınla konuşun, size mağaralarla ilgili bir slayt gösterisi izlemek isteyip istemediğinizi soracaktır. "Evet" cevabını verirseniz size birkaç slayt gösterecektir. Slayt gösterisinin ardından size Cerulean Mağarasının yerini gösteren bir Şehir Haritası verecek. Bu haritayı alın ve merkezin solundaki polis memuruna gösterin. Haritanızı ona gösterdikten sonra görevli geçmenize izin verecek. Route 24'ün üzerindeki kapı olan Route 25'e gidin.
Su üzerinde sörf yapın ve solda başka bir memurun oturduğu küçük bir adaya ulaşacaksınız. Sekiz spor salonu rozeti kazanana kadar geçmenize izin vermeyecek. 8. spor salonu rozetini aldıktan sonra Route 25'e geri dönün. Memur hareket edecek ve siz şimdi Cerulean Mağarasına doğru devam edebilirsiniz.
Cerulean mağarasına girmeden önce ekibinizi hazırlayın. Surf bilen bir Pokemon'a ve Flash'ı öğrenebilen bir Pokemon'a (Magnezone gibi) sahip olduğunuzdan emin olun. Hazır olduğunuzda Gök Mavisi Mağarasına girin ve Flash'ı kullanın. Periyodik olarak ortaya çıkan vahşi Pokemonlardan kaçınarak yol boyunca ilerlemeye başlayın. Bir gölete ulaşana kadar devam edin; Göleti geçmek ve diğer taraftaki kıyıya inmek için Surf'ü kullanın.
Bir yol ayrımına gelinceye kadar bu yolda devam edin. Soldaki yolu takip edin ve iki yollu başka bir çatalla karşılaşıncaya kadar ilerleyin. Doğru yolu takip edin ve başka bir gölete ulaşana kadar devam edin. Gölette sörf yapın ve diğer taraftaki kıyıya inin. Karaya çıktığınızda aşağıya bakın ve Mewtwo'yu ayaklarınızın altındaki bir çukurda göreceksiniz. Mewtwo'yu yakalamak istiyorsanız onu yenmeden HP'sini düşürdüğünüzden emin olun. Sağlığı yeterince düşük olduğunda onu yakalamak için Ultra veya daha iyi bir top atın.
Mewtwo'yu yenerseniz sonsuza dek yok olacak. Mewtwo Gök Mavisi Mağarası'nda yeniden ortaya çıkmayacak ve onu başka bir yerde de bulamazsınız.