Savaş sırasında Yahiko, Nagato ve Konan savaşın dehşetine tanık oldular ve bir gün savaşın ve acının olmadığı bir dünya yaratmaya karar verdiler. Her türlü yolla barışı sağlamaya adanmış bir organizasyon olan Akatsuki'yi kurdular.
Başlangıçta Akatsuki, savaştan etkilenen küçük köylere ve ülkelere yardım etmeye odaklanan küçük bir organizasyondu. Ancak örgütün gücü ve nüfuzu arttıkça daha büyük şinobi köylerinin dikkatini çekmeye başladı. Köyler Akatsuki'yi tehdit olarak görmeye başladı ve örgüte karşı harekete geçmeye başladı.
Köylerden gelen baskılar sonucunda Akatsuki değişmeye başladı. Daha askerileşti ve barışı sağlamaktan ziyade güç elde etmeye odaklanmaya başladı. Örgüt, S düzeyindeki suçluları toplamaya başladı ve yöntemleri giderek daha acımasız hale geldi.
Sonunda Akatsuki, Naruto Uzumaki ve arkadaşları tarafından mağlup edildi ve üyeleri dünyanın dört bir yanına dağıldı. Ancak Akatsuki'nin mirası yaşamaya devam ediyor ve aşırılığın tehlikelerinin sembolü olmaya devam ediyor.