* İnsan doğasının ikiliği: Bu en belirgin temadır. Roman, her bireyin içindeki iyilik ve kötülük arasındaki doğal çatışmayı araştırıyor. Jekyll, insan doğasının saygın, iyi niyetli yanını temsil ederken Hyde, yüzeyin altında gizlenen karanlık, ilkel dürtüleri temsil ediyor.
* Kişinin gerçek doğasını gizlemenin tehlikeleri: Karanlık dürtülerini bastırmaya çalışan Jekyll, sonunda onları Hyde biçiminde serbest bırakır. Hikaye, kişinin kendi parçalarını inkar etmesinin veya bastırmasının yıkıcı olabileceğini öne sürüyor.
* Bilimin gücü ve kötüye kullanım potansiyeli: Jekyll'ın Hyde'a dönüşme deneyleri bilimin kibrini, yani insanların Tanrı'yı oynayabileceği ve doğayı kurcalayabileceği fikrini temsil ediyor. Hikaye, kontrolsüz bilgi arayışına ve bunun potansiyel olarak zararlı sonuçlarına karşı uyarıda bulunuyor.
* Günahın ve kefaretin sonuçları: Hyde'ın eylemleri, kötü arzulara düşkünlüğün sonuçlarını temsil ediyor. Hikaye aynı zamanda Jekyll'ın yaptıklarının kefaretini ödemeye çalıştığı ve sonunda seçimlerinin sonuçlarıyla yüzleştiği için kefaret olasılığını da araştırıyor.
* Kimliğin doğası: Jekyll'ın Hyde'a dönüşümü, kimliğin doğasına ilişkin soruları gündeme getiriyor. Kimlik sabit mi yoksa değişken mi? Kişi kendisini kişiliğinin karanlık yönlerinden gerçekten ayırabilir mi?
* Sosyal ikiyüzlülük ve Viktorya dönemi ahlakı: Roman, Viktorya toplumunun katı ahlaki kurallarını ve çoğu zaman bunun altında yatan ikiyüzlülüğü eleştirir. Jekyll'ın Hyde'a dönüşümü, görünüşte saygın toplumun yüzeyinin altında var olan karanlık gizli akıntıları açığa çıkarıyor.
Bunlar "Dr. Jekyll ve Bay Hyde"da incelenen ana temalardan sadece birkaçı. Roman okuyucularda yankı uyandırmaya devam ediyor çünkü insan doğası, ahlak ve iyiyle kötü arasındaki karmaşık ilişkiye dair eskimeyen soruları derinlemesine inceliyor.