Rorschach daha derine indikçe, 1940'larda ve 1950'lerde faaliyet gösteren, Minutemen olarak bilinen bir grup kostümlü kanunsuzun dahil olduğu bir komployu keşfeder. Ayrıca insanlara süper güçler verme gücüne sahip olan "Prometheus" adlı bir maddeyi de öğrenir.
Rorschach, artık emekli olan eski bir süper kahraman olan Gece Kuşu ve Veidt tarafından yaratılan güçlü ve tanrısal bir varlık olan Dr. Manhattan ile iş birliği yapar. Birlikte Veidt'le yüzleşirler ve onun komplonun arkasındaki beyin olduğunu keşfederler. Veidt'in planı Prometheus'u kullanarak büyük bir şehri yok etmek, böylece dünyayı korku içinde birleştirmek ve nükleer savaşı önlemektir.
Rorschach, Gece Kuşu ve Dr. Manhattan, Veidt'i durdurmaya çalışır, ancak artık çok geç kalmışlardır. Veidt bombayı patlatarak New York şehrini yok eder ve milyonlarca insanı öldürür. Felaketin ardından dünya kaos ve belirsizlik içinde kalıyor.
Watchmen, kahramanlık, ihtiyatlılık ve iyi ile kötünün doğası temalarını araştıran karmaşık ve ahlaki açıdan belirsiz bir hikaye. Aynı zamanda Soğuk Savaş ve nükleer savaş tehdidine dair bir yorumdur.