Matilda ayrıca, sert ve baskıcı yöntemleri öğrenciler için düşmanca bir ortam yaratan okulunun zalim müdürü Bayan Trunchbull ile baş etme sorunuyla da karşı karşıyadır. Matilda, Bayan Trunchbull'un zulmünü ve beceriksizliğini ortaya çıkarmak ve okulda olumlu değişiklikler yaratmak için telekinezi de dahil olmak üzere olağanüstü zihinsel güçlerini kullanarak ona karşı durmaya kararlı hale gelir.
Karşılaştığı bir diğer sorun ise Bayan Trunchbull'un kötü muamelesine maruz kalan iyi kalpli öğretmen Bayan Honey için adaleti sağlamaktır. Matilda'nın Bayan Honey'e yardım etme çabaları, sonunda Bayan Trunchbull'un ortadan kaldırılmasına ve okuldaki öğrenciler için daha mutlu bir ortama yol açar.