Danforth başından beri duruşmalara dahil oldu ve birçok muayene ve duruşmada hazır bulundu. Sık sık sanıkları sorguya çekiyor ve suçlarını itiraf etmeleri için onlara baskı yapıyordu. Ayrıca sanıkların cezalandırılmasında da rol oynadı ve birçok ölüm fermanını imzaladı.
Danforth'un duruşmalar sırasındaki eylemleri tarihçiler ve hukuk uzmanları tarafından geniş çapta eleştirildi. Genellikle Salem cadı davalarındaki aşırılıkların ve histeri ile önyargının akıl ve adaleti geçersiz kılmasının tehlikelerinin bir sembolü olarak görülüyor.