Nagato'nun Kayboluşu Yuki-chan, Yuki Nagato'nun SOS Tugayı'nın tek üyesi olduğu alternatif bir gerçeklikte geçiyor. Haruhi Suzumiya, Mikuru Asahina ve Itsuki Koizumi dahil olmak üzere kulübün diğer üyeleri ortadan kayboldu. Yuki, arkadaşlarının başına ne geldiğini öğrenip onları geri getirmeye kararlıdır.
Dizi, Yuki'nin bakış açısından anlatılıyor ve Yuki'nin kaybolma olaylarını araştırırken onun düşüncelerini ve duygularını araştırıyor. Aynı zamanda SOS Tugayı üyeleri arasındaki ilişkilere ve onların kaybolmalardan nasıl etkilendiklerine de değiniliyor.
Nagato Yuki-chan'ın Kayboluşu, karakter gelişimi ve dostluk ve sadakat temalarını keşfetmesi nedeniyle övgüyle karşılandı. Seri aynı zamanda güzel illüstrasyonları ve orijinal hafif romanlara sadık uyarlamasıyla da övgü topladı.
Nagato Yuki-chan'ın Kayboluşu, Haruhi Suzumiya'nın Melankolisi hayranları ve iyi bir gizemden hoşlanan herkesin mutlaka okuması gereken bir kitap.