İşkence odası kulenin bodrum katında bulunuyordu ve bir dizi küçük, karanlık hücreden oluşuyordu. Her hücre, askılar, kırbaçlar ve kelebek vidalar da dahil olmak üzere çeşitli işkence cihazlarıyla donatılmıştı. Mahkumlar çoğunlukla çıplak olarak soyuldu ve dini inançları hakkında itiraf veya bilgi almak amacıyla saatlerce işkenceye maruz bırakıldı.
Torre de la Inquisición'da kullanılan en yaygın işkence yöntemlerinden bazıları şunlardır:
- Raf: Mahkum ahşap bir çerçeveye bağlandı ve eklemleri çıkıncaya kadar gerildi.
- Kırbaç: Mahkum, deri veya metal çubuklardan yapılmış bir kırbaçla kırbaçlandı.
- Küçük vidalar: Mahkumun başparmakları iki metal vida arasında ezildi.
- Su kürü: Mahkum, kusana veya boğulana kadar bol miktarda su içmeye zorlandı.
- Yangın: Mahkum sıcak kömürlerle veya meşalelerle yakıldı.
Torre de la Inquisición acımasız ve korkunç bir yerdi ve orada işkence gören mahkumların çoğu aldıkları yaralardan dolayı öldü. İşkence odası sonunda 18. yüzyılda kapatıldı, ancak İspanyol Engizisyonu'nun karanlık tarihinin tüyler ürpertici bir hatırlatıcısı olmaya devam ediyor.