Bu dizide ana karakter Mikey Kudo ve arkadaşları Dijital Dünyaya taşınıyor ve Digimon ortaklarıyla bağ kuruyor. Bununla birlikte, doğrudan dönüştürülmek yerine, Digimon'larıyla "kaynaşırlar" ve sonuçta "Füzyon Savaşçıları" adı verilen insan-Digimon melezi formu ortaya çıkar. Bu onların Digimon'un yeteneklerini kullanmalarına ve onlarla birlikte savaşmalarına olanak tanır.
Dizi, Dijital Dünyanın tehlikeleri arasında gezinirken arkadaşlık, takım çalışması ve zorlukların üstesinden gelme temalarını araştırıyor.