- Deneysel yöntemleri her zaman titiz değildi. Bazen anekdot niteliğindeki kanıtlara güveniyordu ve değişkenleri her zaman kontrol edemiyordu. Bu, bazı sonuçlarının yanlış olmasına yol açtı.
- Deneylerinden genelleme yapma konusunda bazen çok hızlı davrandı. Sık sık sınırlı sayıdaki gözlemlere dayanarak kapsamlı açıklamalar yapardı. Bu, bazı teorilerinin aşırı basitleştirilmesine yol açtı.
- Yeni fikirlere her zaman açık değildi. Bazen kendisininkiyle çelişen yeni teorilere karşı dirençliydi. Bu onun bazı önemli keşifler yapmasını engelledi.
Bu zayıflıklarına rağmen Robert Boyle bilime önemli katkılarda bulunmuş parlak bir bilim insanıydı. Çalışmaları modern kimya ve fiziğin temellerinin atılmasına yardımcı oldu.