Ancak en parlak sanatçıların bile sınırlamaları ve zorlukları olduğunu anlamak önemlidir. Sanat tarihçileri arasında sıklıkla tartışılsa da, Raphael'in çalışmalarındaki "başarısızlıklar" veya zayıflıklar olarak değerlendirilebilecek bazı yönler şunlardır:
* Duygu ve gerçekçiliğe sınırlı odaklanma: Michelangelo ile karşılaştırıldığında, Raphael'in figürleri genellikle Floransalı ustanın eserlerini karakterize eden duygusal derinlik ve psikolojik karmaşıklıktan yoksundur. Bazı eleştirmenler Raphael'in duygusal gerçekçilik yerine idealize edilmiş güzelliğe ve uyuma öncelik verdiğini öne sürüyor.
* Asistanlara güvenme: Raphael'in stüdyosu geniş asistan ekibiyle tanınıyordu ve bazı eleştirmenler bunun özellikle sonraki yıllarda çalışmalarında tutarsızlıklara yol açtığını iddia ediyor. Raphael'in denetimi ve rehberliği açık olsa da genel sanatsal vizyonun her zaman kendisine ait olup olmadığı tartışılıyor.
* "Biçim Değiştirme" tartışması: Raphael'in son tablosu "Başkalaşım" ölümünden sonra stüdyosu tarafından tamamlandı. Kompozisyon ve konsept Raphael'e atfedilirken, icranın birden fazla el tarafından yapıldığına inanılıyor. Bu, son çalışmanın Raphael'in gerçek niyetini ne ölçüde yansıttığı konusunda tartışmaya yol açtı.
Bu yönlerin sanatsal yetersizlik anlamında başarısızlık olmadığını hatırlamak önemlidir. Daha ziyade bunlar, Raphael'in sanatsal yaklaşımının çağdaşlarından farklı olduğu veya zamanının zorluklarının çalışmalarını etkilediği sınırlamalar veya alanlardır.
Raphael'in zaferlerini, eserlerinde güzelliği, zarafeti ve uyumu yakalama konusundaki inanılmaz yeteneğini ve sanat tarihi üzerindeki kalıcı etkisini takdir etmek daha verimli. Onun mirası olağanüstü beceriye, sanatsal dehaya ve kalıcı etkiye sahiptir.