Johann Pachelbel, 1 Eylül 1653'te Nürnberg'de doğdu. Çocukluğu ve eğitimi hakkında, St. Sebaldus Okulu'nda besteci Heinrich Schwemmer, Kapellmeister'in yanında müzik eğitimi alması dışında pek bir şey bilinmiyor. 1673'te teoloji okumak için Altdorf Üniversitesi'ne kaydoldu, ancak ertesi yıl memleketindeki Aziz Stephen Katedrali'nin orgcusu olarak ilk işini kabul etti.
Schwemmer 1692'de öldüğünde, Pachelbel'in bir müzisyen olarak itibarı sağlam bir şekilde yerleşmişti ve St. Sebaldus'ta eski öğretmeninin yerini Kapellmeister olarak aldı ve aynı zamanda yan okuldaki koro çocuklarının eğitimiyle de görevlendirildi. Üç yıl sonra, hayatının tek basılı müziği olacak olan sekiz ciltlik kutsal koro eserinden ilki olan Musikalische Sterbens-Gedancken'i yayınladı. Pachelbel, Nürnberg şarap tüccarı Christoph Gabler'in kızı Barbara Gabler ile de bu yıl evlendi.
1695 yılında, ilk kez baba olduktan sadece birkaç ay sonra Pachelbel aniden St. Sebaldus'tan kovuldu ve Nürnberg'den ayrıldı. Aniden görevden alınmasının nedenleri hakkında hiçbir bilgi kalmadı, ancak kariyerinin geri kalanında hiçbir zaman kalıcı bir göreve yerleşmediği için bu Pachelbel için travmatik bir deneyim oldu.
Birkaç duraklamanın ardından Pachelbel'in hayatı, 1699'da, sonraki on bir yıl boyunca kalacağı Erfurt'taki Predigerkirche'de (Vaiz Kilisesi) prestijli orgcu ve öğretmen görevini aldığında istikrara kavuştu. Orada sadece görevinin gereğini yerine getirmekle kalmadı, laik müziğin örgütlenmesi ve icrasında da aktif rol aldı.
1703 yılında Pachelbel'in eşi Barbara, yedi çocuğunun sonuncusu ve en büyüğü olan, babasının müzikal ayak izlerini takip eden ve seçkin bir orgcu ve besteci olan Wilhelm Hieronymus'u doğurdu. Saxe-Eisenach Dükü 1707'de öldüğünde Pachelbel'den bu olay için bir anma kantatı bestelemesi istendi ve bu kantat ilk kez 15 Ağustos 1707'de sahnelendi.
1704'te Pachelbel'in karısı aniden öldü ve ona bakması gereken yedi küçük çocuk kaldı. Pachelbel'in kariyeri 1700'lerde zirveye ulaştı, ancak 1705'te kızı Catharina Barbara'nın gayri meşru bir erkek çocuk doğurmasıyla hayatı beklenmedik ve mutsuz bir hal aldı. Catharina Barbara evini terk etmek zorunda kaldı ve Saxe-Eisenach Dükü'nün evinde hizmetçi oldu. Bu olaya rağmen Pachelbel'in, kendisine orgcunun gelirine ek olarak yıllık emekli maaşı veren Dük'le arası iyi oldu.
Birkaç yıl sonra Pachelbel, Hamburg'daki St. Michael Kilisesi'nde orgcu olarak yeni bir pozisyonu kabul etti. Mart 1706'da, elli iki yaşındayken, St. Michael Kilisesi'nde orgcu olarak görev yapmasının birinci yıldönümünden birkaç gün önce felç geçirerek öldüğünde, yeni görevine henüz başlamamıştı.
Bugün Johann Pachelbel esas olarak org çalışmalarıyla, özellikle de "Vom Himmel hoch da komm ich her" koral prelüdü ve Fa minör Chaconne ve üç keman ve devamlılık için Re majör Canon ve Gigue ile tanınmaktadır. Aynı zamanda 200'den fazla kutsal konçerto, çok sayıda kitle ve motet dahil olmak üzere kutsal ve laik vokal eserlerin seçkin bir bestecisiydi.