Organik malzemelerin bozulması: Davul, flüt ve çıngırak gibi müzik aletleri ve müzikle ilgili diğer nesneler genellikle zamanla ayrışan organik malzemelerden yapılır. Bu durum, bu eserleri bulmayı ve incelemeyi zorlaştırıyor.
Kültürel değişiklikler ve göçler: Kültürler gelişip göç ettikçe müzik gelenekleri de değişir. Bu, özellikle yazılı kayıtların olmadığı durumlarda müziğin zaman içindeki gelişiminin izini sürmeyi zorlaştırıyor.
Arkeolojik kanıtların sınırlamaları: Arkeolojik kazılar, müzik aletlerinin keşfi veya müzisyenlerin sanatta tasviri gibi erken dönem kültürlerin müzik uygulamalarına dair bazı bilgiler sağlayabilir. Ancak bu bulgular parçalı olabilir ve onların müzik geleneklerinin tam bir resmini sağlayamayabilir.
Öznel yorumlar: Arkeolojik kanıtları veya tarihi kayıtları yorumlarken araştırmacılar bu bulguların anlamı ve önemi hakkında öznel yargılarda bulunabilirler. Bu durum bilim adamları arasında farklı yorumlara ve anlaşmazlıklara yol açabilmektedir.
Gizlilik ve ayrıcalık: Bazı müzik uygulamaları gizli tutulmuş veya toplumdaki belirli insan grupları ile sınırlı kalmış olabilir, bu da dışarıdakilerin bunları öğrenmesini zorlaştırabilir.