Ksilofon çubuğuna vurulduğunda doğal frekansında titreşir. Bu frekans çubuğun uzunluğuna, kalınlığına ve malzemesine göre belirlenir. Çubuk ne kadar uzun olursa frekans o kadar düşük olur ve sesin perdesi de o kadar düşük olur. Çubuk ne kadar kalın olursa frekans da o kadar yüksek olur ve sesin perdesi de o kadar yüksek olur.
Ksilofondaki çubuklar, en uzun çubuklar altta ve en kısa çubuklar üstte olacak şekilde perde sırasına göre düzenlenir. Bu, müzisyenin farklı barlara vurarak melodiler ve armoniler çalmasına olanak tanır.