İşte nedeni:
* Bilimsel temeli yok: Felsefe taşı kavramının kökleri, bugün sahip olduğumuz kimya ve fizik anlayışından yoksun, bilim öncesi bir uygulama olan simyaya dayanmaktadır. Herhangi bir maddenin metalleri dönüştürebileceği veya ölümsüzlük verebileceği fikrini destekleyen hiçbir bilimsel kanıt yoktur.
* Yanlış kanılar: Felsefe taşının aranması çoğu zaman çeşitli maddelerle yapılan deneyleri içeriyordu, ancak bu deneyler mistik inançlara dayanıyordu ve bilimsel kesinlikten yoksundu.
* Modern anlayış: Artık elementlerin atomlardan oluştuğunu, atomların basit kimyasal reaksiyonlarla başka elementlere dönüşemeyeceğini anlıyoruz. Bir elementi diğerine dönüştürebilen bir süreç olan nükleer dönüşüm, simyacıların başarabileceğinin çok ötesinde, son derece güçlü ve kontrollü koşullar gerektirir.
Felsefe taşı tarihteki büyüleyici bir kavram olmaya devam etse de onu hiçbir bilimsel temeli olmayan efsanevi bir nesne olarak kabul etmek önemlidir.