Bruno'nun babası Auschwitz Komutanlığına terfi ettirilir ve aile toplama kampına taşınır. Bruno'nun hayatındaki değişiklikler karşısında kafası karışır ve üzülür. Neden arkadaşlarını ve evini geride bırakmak zorunda kaldığını anlamıyor ve toplama kampındaki insanlara neler olduğunu anlamıyor.
Bruno, Shmuel ile tanışır.
Bruno bir gün toplama kampının arazisini araştırırken çitin diğer tarafında genç bir çocuk görür. Çocuk çizgili bir pijama giyiyor ve çok üzgün görünüyor. Bruno çocukla konuşmaya başlar ve arkadaş olurlar. Shmuel, Bruno'ya toplama kampındaki hayatını anlatır ve Bruno olup bitenlerin dehşetini anlamaya başlar.
Bruno gizlice toplama kampına girer.
Bir gün Bruno, Shmuel'i ziyaret etmek için toplama kampına gizlice girmeye karar verir. Bir çift çizgili pijama giyiyor ve çitin içinden gizlice giriyor. Bruno, Shmuel'i bulur ve günü birlikte geçirirler. Oyunlar oynuyorlar, konuşuyorlar ve gülüyorlar. Bruno, en karanlık zamanlarda bile hâlâ bir umut olduğunu fark eder.
Bruno ve Shmuel öldürüldü.
Ertesi gün Bruno ve Shmuel Naziler tarafından yakalanır. Bir odaya götürülüyorlar ve öldürücü bir iğne yapılıyor. Bruno ve Shmuel birlikte ölürler ve cesetleri krematoryumda yakılır.
Çizgili Pijamalı Çocuk Holokost hakkında güçlü ve dokunaklı bir hikaye. Bu dostluk, masumiyet ve umudun gücü hakkında bir hikaye.