Thomas ve arkadaşları şimdiye kadarki en büyük zorluklarla karşı karşıya kaldıkça gerilim artar. Labirent'te dolaşan ve ölümcül bir tehdit oluşturan mekanik yaratıklar olan acımasız Griever'lar tarafından takip edilirken, Labirent'in tehlikeli koridorlarında ilerlemek zorundalar. Thomas, Labirent'in yaratıcısı Ava Paige ile yüzleşip WCKD deneyinin ardındaki ahlakı ve nedenleri sorguladığında doruk noktasına ulaşır.
Kaos ve tehlikenin ortasında Thomas ve Kayranlılar, Labirent'in ardındaki sırları ve hapsedilmelerinin nedenlerini ortaya çıkarır. Özgür kalmak ve WCKD'nin niyetleri hakkındaki gerçeği ortaya çıkarmak için yapmaları gereken fedakarlıklarla yüzleşiyorlar.
Labirent Koşucusu'nun doruk noktası, hikayenin gidişatını değiştiren ve serinin sonraki kitaplarında olayların ortaya çıkmasına zemin hazırlayan yoğun aksiyon sekansları, duygusal yüzleşmeler ve açıklamalarla işaretlenmiştir.