Pokémon Crystal'de şehirler ve kasabalar arasında çeşitli yöntemler kullanarak seyahat edersiniz:
* Yürüyüş: En yaygın yöntem, özellikle oyunun başlarında.
* Bisiklete binme: Goldenrod City'deki Bisiklet Yolu'ndan bir Bisiklet aldığınızda kullanılabilir.
* Tekne: New Bark Town'dan Violet City'ye kadar belirli şehirler arasında seyahat etmek için kullanılır.
* Tren: Goldenrod City'den Ecruteak City'ye kadar belirli şehirlere seyahat etmek için kullanılır. Binmek için tren bileti satın alıyorsunuz, ancak özel bir "demiryolu geçişi" yok.
Oyunda Pokemon Diamond, Pearl ve Platinum gibi daha sonraki Pokemon oyunları gibi bir demiryolu geçiş sistemi bulunmuyor.