Morrison'ın ölümü, ortağı Pamela Courson'la birlikte yaşadığı Fransa'nın Paris kentinde meydana geldi. 2 Temmuz 1971'de Morrison, Courson tarafından evinin küvetinde baygın halde bulundu. Yardım istedi ve Morrison hastaneye kaldırıldı ve orada öldüğü açıklandı.
Morrison'un ölümüne yol açan kesin koşullar hiçbir zaman tam olarak açıklığa kavuşmadı. Bazı kaynaklar onun aşırı dozda uyuşturucudan öldüğünü iddia ederken, diğerleri onun kalp krizi veya çeşitli faktörlerin bir kombinasyonundan muzdarip olabileceğini öne sürüyor. Otopsi raporu, Morrison'un ölümünden önce büyük miktarda alkol ve eroin tükettiğini gösterdi.
Morrison'un ölümüyle ilgili teoriler bugüne kadar ortalıkta dolaşmaya devam ediyor ve bu, rock müzik tarihinin en kalıcı gizemlerinden biri olmaya devam ediyor. Morrison'ın bu kadar genç yaşta zamansız ölümü onun ikonik statüsüne katkıda bulundu ve onu genellikle rock and roll dünyasına eşlik eden aşırılıkların ve trajedilerin sembolü haline getirdi.