Bilinçli zihin, dikkat, planlama, karar verme ve öz kontrol gibi üst düzey bilişsel işlevlerde yer alan bir beyin bölgesi olan prefrontal korteks ile yakından ilişkilidir. Prefrontal korteks aynı zamanda akıl yürütme, soyut düşünme ve yargılama yeteneğimizden de sorumludur.
Bilinçli zihin, zihnin bilinçli farkındalığımızın dışında çalışan kısmı olan bilinçaltı zihinle sürekli etkileşim halindedir. Bilinçaltı; nefes alma, sindirim, kalp atış hızının düzenlenmesi gibi otomatik süreçlerin yanı sıra anılarımızı, alışkanlıklarımızı ve öğrenilmiş davranışlarımızı depolamaktan da sorumludur.
Bilinçli zihin ve bilinçaltı zihin, düşüncelerimizi, duygularımızı ve eylemlerimizi şekillendirmek için birlikte çalışır. Bilinçli zihin kasıtlı ve bilinçli eylemlerimizden sorumludur, bilinçaltı ise davranışlarımızı ve tepkilerimizi her zaman farkında olmadığımız şekillerde etkiler.