Doruk noktası: X-Men, müttefikleriyle birlikte bir nükleer denizaltında son bir hesaplaşmada Sebastian Shaw ve mutant kötü adamlardan oluşan ekibiyle karşı karşıya gelir. Erik Lehnsherr (Magneto) başlangıçta mutantlara karşı yapılan zulümlerin intikamını almak istiyor ve denizaltının nükleer füzelerini dünyayı yok etmek için kullanmakla tehdit ediyor.
Dönüm noktası: Charles Xavier (Profesör X) müdahale ederek Erik'in insanlığına seslenir ve ona gerçek amaçlarının insanlığı yok etmek değil, mutantları korumak olduğunu hatırlatır. İki arkadaş arasındaki bu bağlantı anı, savaşın gidişatını değiştirir.
Zafer: X-Men, Moira MacTaggert'ın yardımıyla füzeleri etkisiz hale getirmeyi ve Shaw ile ekibini yenmeyi başarır.
Acı tatlı son: Geçici bir zafer elde etmiş olsalar da film melankolik bir notla bitiyor:
* Erik'in ihaneti: Erik, Charles'ın sözlerinden etkilenmiş olmasına rağmen, mutantlara yapılan zulümden dolayı hâlâ derinden yaralanmış hissediyor ve kendi yoluna başlamak için uzaklaşıyor, bu da Charles ve X-Men ile gelecekte olası bir çatışmanın olduğunu gösteriyor.
* Charles'ın suçu: Charles, Erik'in ayrılışıyla kalbi kırılır ve bilmeden önlenmesine yardım ettiği, ancak binlerce can pahasına Küba Füze Krizi trajedisinden dolayı kendi suçluluğunun yükünü taşır.
* Yeni bir dönem başlıyor: Film, X-Men'in kendisini hem insanları hem de mutantları korumaya adamış bir ekip olarak kurulmasıyla sona erer, ancak bu, geleceğe dair bir belirsizlik duygusuyla ve Erik Lehnsherr'in artan kızgınlığının yarattığı potansiyel tehditle de sona erer.
Sonu akıllarda kalıcı bir soru bırakıyor: Erik ve Charles karşıt tarafta mı kalacaklar, yoksa aralarında köprü kurmanın bir yolunu mu bulacaklar? Bu soru X-Men serisinin geleceğine zemin hazırlıyor.